STIE Boedi Oetomo didirikan pada tanggal 27 September 1986 berdasarkan Surat Keputusan Yayasan Pendidikan Boedi Oetomo Nomor 01 Tahun 1986. Sebagai suatu lembaga Pendidikan Tinggi yang mempersiapkan manusia Indonesia untuk menjadi kader-kader pembangunan yang berwawasan, memiliki kemampuan dan keahlian dalam bidang Ilmu Ekonomi dan Manajemen. STIE Boedi Oetomo yang merupakan Lembaga Pendidikan Tinggi Swasta, diselenggarakan atas dasar Persetujuan Pemerintah RI, melalui Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI.

STIE Boedi Oetomo didirikan dan diselenggarakan dengan berlandaskan azas Pancasila, UUD’45 dan Tri Dharma Perguruan Tinggi. STIE Boedi Oetomo bermaksud menyelenggarakan Pendidikan Tinggi bagi putra-putri Indonesia dengan pendekatan kultural edukatif dalam ikut serta mempersiapkan kader pembangunan yang berkemampuan dan ahli dibidang Ilmu Ekonomi, serta memiliki kemampuan penalaran intelektual yang dijiwai moral Pancasila dan Undang-Undang Dasar l945.

STIE Boedi Oetomo memiliki Lambang diatas dasar warna biru berbentuk lingkaran bersegi lima yang didalamnya terdapat initial STIE secara vertikal dan tulisan PONTIANAK secara horizontal. Terdapat pula gambar BUKU dan TIMBANGAN yang keseluruhannya dilingkari oleh RANTAI bermata 9. Kata SEKOLAH TINGGI ILMU EKONOMI YAYASAN PENDIDIKAN BOEDI OETOMO ditulis dalam bentuk lingkaran.

Arti lambang :

  1. BUKU, berarti melambangkan sebagai sumber ilmu pengetahuan sebagai dasar untuk penelitian dan pengembangan ilmu.
  2. TIMBANGAN, berarti mengemban keseimbangan antara ilmu dan amal serta ikut berperan aktif dalam menciptakan keseimbangan lingkungan secara  luas.
  3. RANTAI, bermata 9 yang melambangkan sembilan orang yang mempunyai satu kesatuan niat untuk mendirikan Lembaga Pendidikan STIE Boedi Oetomo. Disamping itu rantai diartikan pula sebagai lambang persatuan diantara segenap civitas akademika dan sesama almamater.
  4. LINGKARAN, yang melambangkan kelopak bersegi lima berarti STIE Boedi Oetomo berazaskan Pancasila

STIE Boedi Oetomo mempunyai panji-panji yang merupakan misi (mission) dari Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) diatas dasar warna biru. Panji Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) dilukiskan dalam bentuk lilin yang sedang menyala diatas tempat berukir dengan diapit oleh dua buah sayap burung hantu, dan disangga oleh tulisan/kata SEKOLAH TINGGI ILMU EKONOMI BOEDI OETOMO PONTIANAK, bersusun tiga secara horizontal.

Setiap gambar atau lukisan mempunyai arti sebagai berikut:

  1. Lilin yang sedang menyala dengan apinya berwarna merah berarti bahwa ilmu yang diperoleh di STIE Boedi Oetomo senantiasa berguna untuk menerangi manusia dalam kebutaan dan kegelapan ilmu pengetahuan guna diamalkan selama hayat dikandung badan.
  2. Tempat Lilin berukir membentuk angka 2 dan angka 7 dengan warna coklat berarti STIE Boedi Oetomo dilahirkan pada tanggal 27.
  3. Sayap-sayap burung hantu yang berlekuk sembilan dengan warna Kuning menandakan bahwa lahirnya Boedi Oetomo adalah pada bulan 9 atau September.
  4. Angka 1986 diantara kedua pangkal sayap burung hantu merupakan tahun kelahiran STIE BOEDI OETOMO.
  5. Tulisan/kata : "SEKOLAH TINGGI ILMU EKONOMI BOEDI OETOMO PONTIANAK" yang merupakan penyangga lilin dan tempatnya serta sayap-sayap burung hantu berarti bahwa Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Boedi Oetomo Pontianak dengan hati yang putih bersih siap mengemban tugas dan kewajibannya sebagai lembaga Perguruan Tinggi untuk menyelenggarakan Pendidikan Tinggi sesuai dengan maksud dan tujuan yang dicita-citakan.